Program "Monitoring cizorodých látek" zahrnuje sledování cizorodých látek v celém potravním řetězci, nejen v potravinách, ale i v surovinách. Sledování začíná již ve vstupech do potravního řetězce, tedy v krmivech, v půdě, vodě, ovzduší, v lesních a vodních ekosystémech apod. Začíná tam, kde může dojít k ovlivnění bezpečnosti potravin. Výsledky jsou každoročně vyhodnocovány a slouží jako podklad pro další případná opatření ve vertikále „od pole po vidličku“.
Na základě mnohaletého sledování cizorodých látek v potravních řetězcích lze kvalifikovaně říci, že v našich potravinách je tak nízký výskyt cizorodých látek, že v žádném případě nemůže dojít k ohrožení zdraví spotřebitelů, což dokazují různé srovnávací studie. Dlouhodobý program monitoringu cizorodých látek v potravních řetězcích je vypracováván odborem bezpečnosti potravin ve spolupráci s dozorovými orgány a výzkumnými ústavy spadajícími do kompetence Ministerstva zemědělství.